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40TFLOPS与1300万

吉林大学谈HPC:实际应用比排行榜虚名更重要

CBSi中国·ZOL 作者:中关村在线 许振新 【原创】 2010年09月23日 05:22 评论
    40TFLOPS与1300万

    众所周知,HPC的建设和运营都是极其“烧钱”的事,而学校的经费又比较紧张,因此,虽然不在意HPC排名,但是对于只用1300万就获得40TFLOPS的运算能力,胡亮显得很是开心和满意,表示这要“大力感谢英特尔公司、浪潮公司给予的众多支持”。

    据胡亮介绍,在项目招标时,当吉林大学表示只能拿1300万建一个40TFLOPS的系统时,八家前来投标的公司立刻被“吓跑”了好几家,认为不可能用这么少的钱搭建这么大的系统。而英特尔、浪潮则表示了最大的诚意,两家公司多次来做报告,帮助吉林大学细致地规划整个HPC平台,分析怎么样花最少的钱达到最好的性能。
 
    尤其,在系统选型过程中,正是英特尔5600、7500系列处理器呼之欲出的时候,是选择最新的5600系列,还是选择口碑颇好、且经过市场检验的至强5500系列?吉林大学还是比较犹豫,因为考虑到5600系列在制程工艺上做了改进,同样面积的芯片上可以集成更多的内核,所以会担心内存带宽存在瓶颈,而且也不清楚性能究竟能提高多少。

    一切当然只能靠测试数据说话。吉林大学选取了一个内存访问密集型HPC应用,即测试二氧化硅晶体结构的程序,和服务器供应商一起,首先在至强5500平台上进行了测试。由于没拿到至强5600,吉林大学委托英特尔用同样的程序进行测试。测试结果表明,最保守的情况,至强5600系列的性能也比至强5500系列高出了20%,而功耗却没有增加。

    除了性能之外,吉林大学之所以最终选择至强5600系列,还出于以下的考虑:一是英特尔给予大力支持,至强5600的报价与5500的相同,花同样的钱买到更好的计算能力肯定划算;二是,HPC中心建完之后的主要开销来自电费,而至强5600系列的功耗与5500的是一样的,这意味着买了更多计算能力的同时,没有造成运营成本的增加,这也是划算的事情;三是,尽管没有用户对新的产品、新的芯片做过测试,但是由于体系结构没有变化,是一个平滑过度,因此,相对而言技术风险比较低,吉林大学认为也是可以承担的;四是,至强5600系列的管脚和5500一样,供应商的主板不需要变化,供货周期没有影响,对HPC中心的建设周期时间来说也就没有什么风险。

    由于吉林大学的HPC应用里有不少内存密集型应用,例如吉林大学理化所的诸多应用,因此,还专门采用了支持“大内存”的至强处理器7500来部署了四个“胖节点”。胡亮表示,将来会抽出工信厅给的资金来继续扩充“胖节点”。

    为了保障未来HPC平台的运营,今年5月,吉林大学还成立了专门的高性能计算中心。该中心目前有主任一名、副主任两名、工作人员五名,负责HPC系统的日常运行和维护工作;并且设有专家用户委员会为该中心提供咨询和监督,以及负责制定方针政策和重大决策的领导工作小组。

    附:吉林大学TS10000高性能计算平台

l         300台刀片计算节点(至强5650×2);

l         4台胖节点
(至强7550×4);

l         10I/O节点;

l         2台管理节点;

l         3台调度节点;

l         6台登录节点;

l         2NFS节点;

l         内存7.6TB

l         存储系统100TB

l         计算网络采用736QDR Infiniband交换机

l         管理网络采用万兆以太网络交换机;

l         并行文件系统采用LUSTRE文件系统;

l         作业管理系统采用Platform Computing公司的LSF系列产品。

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