中国科学院昆明植物研究所是中科院系统中生命科学研究方向中一个重要的研究所,该所地处云南省昆明市,得天独厚的自然条件培育了丰富的物种,也为昆明植物所的研究创造了优越的条件。
依托中科院建立超算分中心的大背景和昆明植物所科研发展的需求,昆明植物所承建中科院超算中心昆明分中心。该高性能计算平台为昆明植物所的生命科学综合应用平台,其中最重要的应用为测序仪离线处理,序列拼接,序列比对等应用,作为中科院超算分中心,该平台还承担着服务于西南地区其它科研院所的任务。
主要应用类型:
测序仪离线处理
序列拼接
序列分析比对
分子动力学
药物设计
针对种类繁多的生命科学高性能计算应用,曙光方案设计充分考虑到了各个应用的不同需求,计算系统采取了多样化配置,分别配置了通用的四路的刀片节点和八路SMP胖节点,计算系统整体峰值性能达到10万亿次每秒。大部分序列比对、分子动力学和药物设计应用主要在刀片计算节点上运行,对于有特殊需求的应用,如需要海量内存的序列拼接应用,采用SMP胖节点。
多样化的方案设计完美满足了昆明植物所的众多应用需求,在很多科研项目中发挥了关键作用,包括2010年助力植物所完成普通野生稻全基因组框架图谱的绘制。
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