清华大学医学部成立于 2001年10月25日，当前，世界范围内普遍认识到生命科学和医学是当今世界科学技术领域最活跃、最有希望取得关键性突破的学科之一，清华大学医学部真是基于此而创立的。医学部是清华大学为顺应国家发展需要及世界高等教育和科学技术发展的趋势，为向世界一流大学的目标奋进迈出的极为重要的一步。为了使清华大学在 2011 年前能跻身于国际一流大学之林，清华大学校领导已明确提出“要争取在信息、纳米及生命科学上有所突破”这一战略目标。
医学部的高性能计算应用需求主要有两方面：一、电子显微镜图像处理；二、分子动力学应用软件。两类软件对计算资源的需求不尽相同，电子显微镜图像处理软件为单机多核并行，要求单节点计算能力突出，并具备海量内存；而分子动力学软件可以实现多节点并行，对计算网络的性能要求较高。
曙光方案设计兼顾了这两类软件的需求，计算系统采用了多样化设计，分别配置了通用的双路四核的刀片节点和八路SMP胖节点，分别针对两类典型应用，整个计算系统整体峰值性能达到6.6万亿次每秒；计算网络配置了高带宽，低延时的Infiniband网络，对分子动力学软件的并行效率有明显提升。
通过“分而治之”的设计思想，曙光为清华大学医学部量身定做的高性能计算平台合理地解决了两类应用软件对资源的不同需求，同时节省了用户投资，实现了资源的最大化利用。
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