9月21日,由浪潮主办的以“根植应用 引领创新”为主题的2012年高性能计算用户大会将在泉城济南举行。来自国家863专家、国家超级计算济南中心、国家超级计算天津中心、中国科学院、上海交通大学、中国海洋大学、浪潮集团、英特尔、迈络思等业内顶尖专家、领导厂商将和中国各行业高性能计算用户代表,将就中国高性能计算的应用创新与技术发展、软件开发和算法优化、系统运维管理等展开广泛交流深入探讨,共同探索中国高性能计算的技术创新与应用发展方向。
本次大会围绕“创新、应用”高性能计算关键字,充分体现浪潮集团看得见、摸得着的云计算,全面展示浪潮在诸多服务器领域的软硬件平台和多核并行加速算法上的成果。
基于MIC平台上的电镜重构算法并行加速
电子断层三维重构技术(Electron Tomography,ET)是在纳米尺度研究不具有全同性的细胞或大分子三维结构的重要方法,正受到越来越广泛的重视。联合迭代重构法(Simultaneous Iterative Reconstruction Technique, SIRT)在众多的重构法中重构效果最好,在对噪声处理和匹配纠正方面相对于其他算法具有更好的效果,但是迭代重构法相对于其他的重构法需要更长的运行时间,使其应用受到限制。
浪潮应用软件服务团队开发了基于MIC平台的并行SIRT算法,单MIC卡开发周期:5周。另外,在Intel Xeon E5-2680 2.70GHz CPU平台下单线程运行时间为1050s,2块CPU(16核)多线程OpenMP版本运行时间为86s,单MIC(KNC)版本运行时间为65s,性能大大提高。目前已经实现2CPU+2MICs异构协同计算。