浪潮“桌面”超级计算机NF5588实测

　　一、测试背景：
　　
    自2009年浪潮推出了国内首款万亿次桌面超级计算机--“倚天”以来，兼具低成本、高性能特点的“倚天”受到了广大高性能用户的普遍青睐。近日，浪潮 “倚天”宝剑再度出鞘，推出搭载了NVIDIA Tesla最新Fermi架构20系列GPU的升级版桌面超级计算机--NF5588。该产品采用目前业界最先进的双路四核 CPU+GPU异构计算架构，是一款最高计算能力可达4万亿次每秒的高性能超级计算机，同时也是一款高端工作站产品。目前，NF5588已经成功应用于国防科技大学、西交大电信学院、井冈山大学等全国各大知名科研研究单位。
　　
    本测试报告将利用分子动力学经典软件NAMD及快速傅里叶变换FFT就这款产品进行全方位性能实测，同时针对上一代倚天桌面超算进行性能对比测试。

浪潮“倚天”NF5588

    二、测试方案1：
　　
    选择典型高性能应用NAMD软件及Nanopore算例来进行实测。NAMD是分子动力学领域最为经典及最早支持CUDA架构计算的软件之一，它基于Charm++并行支持库，实现了动态负载平衡，在高端硬件平台上可以保持较高并行效率直到数千个处理器规模。Nanopore算例是通过分子动力学的方法，利用NAMD软件进行模拟计算，对硅纳米孔柱阵列的排列结构进行研究。
　　
    本次对Nanopore算例进行10000个step的计算来进行计算时间对比。测试软件是官网下载的NAMD_2.7b3_Linux-x86_64-CUDA.tar.tar与NAMD_2.7b2_Linux-x86_64-CUDA.tar.tar两个不同版本。运行的命令为：./charmrun ++local +p8 ./namd2 +idlepoll +devices 0,2 /root/apoa1/apoa1.namd，其中+p参数指的是系统CPU运行的核数，+devices参数指的是系统GPU运行的设备号码，此设备号码可由CUDA SDK中的devicequery程序运行得来。
　　
    测试方案1对比的是NF5588分别搭载Tesla C2050与Tesla C1060时的性能对比情况，对应Tesla C2050 GPU安装了cuda3.1版本驱动，Tesla C1060 GPU安装了cuda2.3版本及cuda3.1版本驱动，都分别对同样的算例进行了测试，测试平台配置信息及测试结果分别如下。

    上表中的测试时间均为记录系统运行算例的Wall Clock Time，由上表的数据分析可得出以下结论：