合肥中科院用新至强刀片做HPC(视频）

    在前不久举办的英特尔商用智能计算体验峰会上，中国科学院合肥物质科学研究院计算中心主任、中国科学院超级计算环境合肥分中心项目负责人曾雉女士向与会者分享了智能计算在高性能计算领域的应用体验

    下面是曾雉女士演讲的视频及文字实录。

    中国科学院超级计算环境合肥分中心项目负责人曾雉：各位来宾，今天非常高兴有机会把中国科学院超级计算环境合肥分中心项目跟大家做一个介绍，我叫曾雉，是中国科学院超级计算环境合肥分中心的项目负责人。

    我想先介绍一下我们这个单位，我们这个单位叫中国科学院合肥物质科学研究院，它是拥有多学科的综合型科学研究和人才培养基地，目前有五个研究单元，一个是等离子体物理研究所、固体物理研究所（我本人来自与固体物理研究所）安徽光学精密机械研究所、合肥智能机械研究所、合肥强磁场中心，还有相关的成果转换方面的安徽循环工程研究院。全院现在一共有1000多名工作人员，包括有很多的博士后流动站、博士点、硕士点，加上在学的研究生我们一共有两千多人，主要的科研平台就是有重点实验室、重点研究中心还有像大型的技术物理实验平台。

    我们单位的特点是有大科学工程作为一个支撑，比如说有HT-7、EAST、ITER、强磁场实验装置。我们这个项目背景，实际上我们在中国科学院超级计算环境这样一个框架下设立的，中国科学院的超级计算环境是中国科学院十一五信息化专项项目，主要的目的就是在全院建设一个总的计算能力在两百亿万次的高性能计算平台，其中120亿万次建在北京，在京外选了六个分中心，每个分中心希望大家具有十万亿次计算能力的计算系统。在这几个分中心非常荣幸的基于Intel CPU平台的，由浪潮公司作为系统集成这样一个项目中标了。

    我们综合性的国家科学研究中心实际上主要围绕着战略能源、国家安全、环境监控做了一系列的事情，在这边列举了一些具体的分支当中，比较有影响的就是磁约束聚变与等离子体技术是在2008年获得了中国国家科学进步一等奖。还有一个有影响的是大气与环境光学，实际上是北京市每天空气的质量是有贡献的。去年奥运会期间，街上跑了很多环境监测的车，是由大气与环境光学中心提供的。

    再有还有现代光学与信息获取技术、农业信息化，它在全国建立了农民信息自动化的系统，从国家农委开始，向村镇、向农民提供足够的IT技术，这是一个方面。

    另外，在技术研究方面，材料和生物的结构、性质与功能方面，我们在06年也获得了国家自然科学二等奖。

    我们项目主要的解决方案也是从我们来讲，我们的要求，因为我们是一个终端用户做高性能计算的，我的要求是计算性能要高，出于这样的出发点，我们选择了英特尔5560的计算刀片，主频是2.8GHz，我们另外加了两个胖节点，整个的环境是全互联的网络，同时我们采用了Intel一些软件的平台。

    我们首先追求的就是计算的高效率，在高效率的基础上，因为国家目前在发展，在这样的基础上我们要兼顾节能和环保上的考虑，同时我们作为一个计算中心来讲，一定要求系统的稳定和安全。目前这个系统，因为刚刚中标，刚刚签约，我们希望9月底之前能够安装。主要就是为了科学研究提供一个稳定、安全、高效的计算平台。同时作为中科院超级计算环境网格中的重要组成部分，实现全院超级计算环境资源的整合和共享。

    具体说起来，我们一共计算刀片112个，总共有896个核，胖节点有48个核，再有一套并行文件系统，还有一套足够容量的存储系统。总的就是中科院合肥超级计算分中心要达到十万亿次，基于Intel构架的系统。

    会有人问我们为什么会选择Intel这样的产品，因为做科学研究是非常严谨的，在此之前我们做一些基准测试，我们在物理、化学和材料领域是应用非常广泛的计算软件。我们在做的过程中，我们发觉各个公司提供的性能相近的一个CPU里面，我们发现Intel基本上要比别的公司提供的性能要高50%左右。但是这样比会有一些下降，这样可能跟我们程序本身有关系，所以在这儿我们也给Intel提出一个要求，就是希望在程序并行化提供帮助，把加速比提高，因为系统现在非常大了，不是32……按这个标准降下去的话，结果是不堪设想的，真的特别不划算。

    这也是我们大致分析了一下，性能下降主要的原因实际上由于通讯的时间，因为节点多了以后，通讯时间会有一些问题。这是另外一个在材料、化学、物理方面用的比较多的次序（Wien2k）它的性能有大约50%左右的性能的提高。

    谢谢大家，也谢谢Intel给我们提供这样一个机会，能够享用最好的IT产品，谢谢。